L'OAV inizia mostrando Zack e Cloud in fuga dalla Shinra, e Tseng, capo dei Turk, che detta ordini via telefono. Quindi, attraverso un flashback di Tseng, vengono narrati gli eventi di Nibelheim, avvenuti un anno prima l'inizio di Final Fantasy VII, partendo direttamente dall'incendio della città. L'OAV alternerà infatti spezzoni dei due flashback, quello della fuga di Zack e Cloud, e quello dell'incendio di Nibelheim.

In precedenza, anche se non viene mostrato nell'OAV, il 1st Class SOLDIER Zack viene incaricato di accompagnare il SOLDIER d'elite Sephiroth a investigare su un malfunzionamento di un reattore mako a Nibelheim. Durante la ricognizione Sephiroth scopre la verità sulla sua identità e le sue origini: è un essere creato geneticamente usando le cellule di un alieno, Jenova. Di fronte alla realtà Sephiroth impazzisce, incendia la città e si dirige al reattore per liberare Jenova. Ed è da qui che prende inizio il flashback di Tseng. Tifa (che aveva accompagnato la squadra di ricognizione al reattore) corre al reattore, dove trova il padre in fin di vita, e decide di vendicarsi: si scaglia contro Sephiroth che però la scaraventa sulle scale tramortendola. Zack, arrivato al reattore, corre in aiuto di Tifa e decide di fermare il suo compagno una volta per tutte: inizia un combattimento contro Sephiroth, che però ha inevitabilmente la meglio. Sephiroth libera Jenova ma viene improvvisamente trafitto alle spalle da un soldato semplice, Cloud, che però viene a sua volta trafitto da Sephiroth. Ma Cloud non si arrende e con uno sforzo sovrumano lo scaraventa contro il muro. Sephiroth, incredulo, nota il bagliore degli occhi di Cloud (detto Mako Glow), proprio di chi viene a contatto con il Lifestream e decide di buttarsi con la testa di Jenova nel Lifestream che scorreva sotto di loro.

Sul luogo dell'accaduto giungono i membri della ShinRa, tra cui Hojo, che decide di prendere i corpi di Cloud e Zack per esperimenti sulle cellule Jenova. Li porta quindi nei sotterranei della ShinRa Mansion e li pone in due capsule di contenimento. Ma Zack dopo alcuni giorni riprende i sensi e scappa, portando Cloud (che si trovava in una sorta di coma) con sè. Riescono a trovare un passaggio da un camionista che li porta a Midgar, ma poco prima di giungere a destinazione i due cadono vittima di un agguato della ShinRa.

L'OAV termina con uno sparo e con Zack che urla "Cloud, SCAPPA!". Per conoscere il resto degli eventi bisogna aver giocato a Final Fantasy VII: Zack si sacrifica per salvare Cloud da un cecchino e riesce a trascinare l'amico fin su una collina. Qui vengono inesorabilmente raggiunti dai soldati che uccidono Zack e lasciano stare Cloud, pensando che non possa più fare niente in quelle condizioni pietose. Ma Cloud riacquista conoscenza poco dopo e, non ricordando nulla di ciò che è accaduto, prende con sé la Buster Sword di Zack, si ritrova con gli abiti da 1st Class SOLDIER (che gli aveva fatto indossare precedentemente Zack) e raggiunge Midgar, dove incontra Tifa, che lo convince a partecipare ad una missione all'AVALANCHE. Qui comincia Final Fantasy VII.